話が前後しちゃうけど、

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AVALON WinFS Indigo
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Fundamentals
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これがLonghornの基本アーキテクチャ

AVALON
プレゼンテーション層
WinFS
データベース層
Indigo
コミュニケーション層
Fundamentals
“いわゆる”OS。基本OSサービスと総称されていた。

この上に「WinFX」としてインターフェイスが載っかってくるわけで、それが.NET。WinFX(要はWindows Framework)から各層にアクセスし、データのやり取りを行なって、Fundamentalsを操作することになる。
WinFX(.NET)でオブジェクトが整理されたため、その下位層も整理しなおした、というのが実情か。